崇明南新專線 （南門汽車站→躍進農場站）
南門汽車站 - 東門(崇明縣) - 東門路北門路 - 橋鎮 - 南雙港 - 中雙港 - 雙津 - 沈家灣 - 西三江口 - 小高橋 - 廟鎮 - 橋鼻港橋 - 南星橋 - 清水官宮 - 草棚鎮 - 協進村 - 三星中學 - 三星鎮 - 北新橋 - 白港 - 新海農場 - 倉房港 - 實驗站 - 黃浦碼頭 - 躍進農場

崇明南新專線區間 （南門汽車站→新海農場站）
南門汽車站 - 東門(崇明縣) - 東門路北門路 - 橋鎮 - 南雙港 - 中雙港 - 雙津 - 沈家灣 - 西三江口 - 小高橋 - 廟鎮 - 橋鼻港橋 - 南星橋 - 清水官宮 - 草棚鎮 - 協進村 - 三星中學 - 三星鎮 - 北新橋 - 白港 - 新海農場

南東專線 （南門汽車站→前衛村站）
南門汽車站 - 東門(崇明縣) - 東門路北門路 - 橋鎮 - 丁家橋 - 東三江口 - 鰲山收花站 - 團城公路建設公路 - 新進 - 黃家弄 - 官尖 - 建設鎮政府 - 建設鎮 - 界山小學 - 虹橋 - 紅梅 - 東風十二隊 - 林場(崇明縣) - 森林公園(崇明縣) - 東紡廠 - 強力站 - 推廣站 - 東風新村 - 縣良種場 - 良果 - 前衛村

南堡專線 （堡鎮汽車站→南門汽車站）
堡鎮汽車站 - 體育場(堡鎮) - 小菜場 - 南堡鎮 - 化肥廠(大通路) - 財貿中學 - 高石橋 - 豎新鎮 - 朱家橋(崇明縣) - 朱楊弄 - 東新鎮 - 立新站 - 新河鎮 - 新申路(新河公路) - 八渡界 - 東平大橋 - 二條豎河 - 朱家溝頭 - 侯家鎮 - 民生豎河 - 鰲山收花站 - 東三江口 - 丁家橋(崇明縣) - 橋鎮 - 東門路北門路 - 東門(崇明縣) - 南門汽車站

南堡支線 （堡鎮汽車站→南門汽車站）
堡鎮汽車站 - 小菜場 - 南堡鎮 - 北堡鎮 - 港沿鎮 - 四號橋 - 齊樂村 - 富國村 - 大東村 - 張漲港橋 - 富民街 - 直河港橋 - 育才村 - 大椿村 - 永豐村(草港路) - 群英村 - 新民鎮(草港路) - 平南村 - 民生村 - 為民商店 - 蟠龍村 - 草港公路蟠龍公路 - 富安村 - 三星村(崇明縣) - 牛路站 - 靜南小區 - 西門路鼓浪嶼路 - 橋鎮 - 東門路北門路 - 東門(崇明縣) - 南門汽車站

南建專線 （新建水閘站→南門汽車站）
新建水閘 - 新建河口 - 綠華鎮 - 八號橋(崇明縣) - 奶牛場(躍新路) - 育新村 - 新海水閘 - 西新鎮 - 新東 - 海濱村 - 三星鎮 - 純陽堂橋 - 三星中學 - 協進村 - 草棚鎮 - 界河橋 - 清水官宮 - 東安村 - 南星橋 - 友愛商店 - 橋鼻港橋 - 機械廠(大平路) - 廟鎮 - 鄂鴣港北橋 - 小高橋 - 西三江口 - 廟鎮衛生中心 - 沈家灣 - 雙津(利民路) - 利民路岱山路 - 馬橋(崇明) - 岱山路秀山路 - 秀山路三沙洪路 - 西門路秀山路 - 西門路北門路 - 北門路東門路 - 東門(崇明縣) - 南門汽車站

南江專線 （長江農場站→南門汽車站）
長江農場 - 奶牛場 - 元件六廠 - 崇明機場 - 東平商店 - 森林公園(崇明縣) - 林場(崇明縣) - 東風三分廠 - 排衙鎮 - 八字橋河 - 廟子河 - 油車河 - 富民村 - 城北鎮 - 天仙河 - 靜南小區 - 丁家橋 - 橋鎮 - 東門路北門路 - 東門(崇明縣) - 南門汽車站

南海線 （南門汽車站→安南村站）
南門汽車站 - 東門(崇明縣) - 東門路北門路 - 橋鎮 - 南雙港 - 中雙港 - 北雙小學 - 南橫街 - 陸角廟 - 長生村 - 豎河頭 - 濟民村 - 江豐路 - 鎮東村 - 廟鎮 - 週家河頭 - 窯橋 - 猛將廟 - 太平豎河橋 - 保南村 - 望倉港 - 安南村

南紅專線 （南門汽車站→新洲不鏽鋼廠站）
南門汽車站 - 東門(崇明縣) - 東門路北門路 - 橋鎮 - 南雙港 - 中雙港 - 雙津 - 沈家灣 - 西三江口 - 小高橋 - 廟鎮 - 週家河頭 - 窯橋 - 猛將廟 - 龔家河頭 - 盤洪村 - 合作窯廠 - 紅星降壓站 - 紅星農場 - 紅星北店 - 新村電鍍廠 - 新衛 - 一分店 - 新樂 - 二分店 - 新村鎮 - 新中 - 新國 - 新莊 - 新洲 - 新洲不鏽鋼廠

南躍線 （南門汽車站→躍進農場站）
南門汽車站 - 東門(崇明縣) - 東門路北門路 - 橋鎮 - 丁家橋 - 靜南小區 - 天仙河 - 城北鎮 - 富民村 - 油車河 - 廟子河 - 八字橋河 - 新北村(北沿公路) - 三沙洪 - 春谷滧 - 小豎河 - 解放河橋 - 南壩 - 合作窯廠 - 紅星降壓站 - 紅星農場 - 紅西站 - 新東牧場 - 新海果園 - 界河新村 - 新海農場 - 倉房港 - 實驗站 - 黃浦碼頭 - 躍進農場

南風線 （南門汽車站→東風新村站）
南門汽車站 - 東門(崇明縣) - 北門路東門路 - 西門路北門路 - 西小港 - 南雙港 - 中雙港 - 漂染廠 - 北雙小學 - 南盤滧 - 協興鎮 - 三沙洪 - 新北村(北沿公路) - 外國語學校 - 楊南村 - 橡膠一廠 - 東風場部 - 利民新村 - 東風新村